その直後、地球防衛軍がシンジの乗った機能停止寸前のエヴァンゲリヨンを攻撃し始めたのはどうしてだろう?
【ウミガメ】

次の脅威になったからですか?

う~ん、半分YES! [良い質問]

地球防衛軍はシンジが乗っていることを知っていますか? [編集済]

NO! [良い質問]

地球防衛軍はエヴァンゲリヨンと敵対関係にあるからですか?

それですよ! [正解]

地球防衛軍はエヴァンゲリヨンのことを知っていますか?

たぶんYES! [良い質問]

いきなり巨大な怪物が争いだしたら普通に考えてどちらも敵だからですか?

NO!

地球防衛軍としては、怪獣同士の戦いにしか見えず、勝ったほうが人類を襲う次の脅威にしか見えなかったので攻撃し始めましたか?

NO!
初めにシンジが倒したのは人類側の生物兵器、ウミエルだった。
結局、総攻撃を受けたシンジは覚醒し、地球人類をすべて滅ぼした。